Параметр «Мобильный проект» недоступен в Flash Builder 4. Вам нужно будет выполнить обновление до Flash Builder 4.5 или 4.6.
Возможно, вы сможете что-то сделать с обычным проектом Flash Builder 4, настроить функцию нескольких SDK для использования Flex 4.6 и вручную добавить библиотеки для мобильных устройств. Я думаю, что вам придется использовать инструменты командной строки для создания релизных сборок.