Вы можете установить элементы управления для включения в xmlns по умолчанию, добавив это над пространством имен:
[assembly: XmlnsDefinition("http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation", "MyControls.MarkupExtensions")]
namespace MyControls.MarkupExtensions
{
...
}
Это просто добавляет их в xmlns встроенных элементов управления, а не заменяет их. При этом необходимо соблюдать осторожность, чтобы не наступать на имена каких-либо встроенных элементов управления.