Если объект уже выполняет последовательность миганий, а вы запускаете другой, это может помешать тому, что происходит на экране. Я предлагаю добавить stopAllActions перед запуском новой последовательности.
Еще одна вещь, которую я заметил, это то, что вы запускаете действие CCFadeOut. Имейте в виду, что после выполнения этого действия непрозрачность спрайта будет равна 0, а CCBlink изменяет свойство visible, но не влияет на непрозрачность. Это означает, что вы должны убедиться, что спрайт имеет максимальную непрозрачность перед началом последовательности:
[object stopAllActions];
object.opacity = 255;
[object runAction: [CCSequence actions:[CCBlink actionWithDuration:2 blinks:1],[CCFadeOut actionWithDuration:2], nil]];