Кавычки должны содержать аргументы с пробелами. Например:
test.exe "this is an argument with spaces"
Чтобы поместить кавычки в аргумент, избегайте их:
test.exe "\"c:\program files\input\""
Если бы вы вызывали это из C-программы, вам бы пришлось дважды экранировать кавычки. Например:
system("test.exe \"\\\"c:\\program files\\input\\\"\"");
Было бы полезно, однако, увидеть вашу строку кода, которая запускает test.exe
.