Поскольку вы используете FileZilla, попробуйте перейти на Edit -> Settings -> Transfers -> File Types
и установить Default transfer type
на Binary
. Это должно остановить все преобразования, заканчивающиеся в конце строки.
Кроме того, по моему опыту, такого рода проблемы возникают чаще всего, когда соглашение об окончании одной строки не применяется последовательно в одном и том же файле. Затем программное обеспечение обнаруживает одно соглашение (например, используемое в начале файла) и применяет преобразование вслепую ко всему файлу.