Вы можете передавать параметры командной строки с помощью ClickOnce. У вас может быть одна обычная ссылка, а затем одна ссылка, содержащая параметр командной строки, который вы можете прочитать при запуске, чтобы активировать приложение после входа в систему (или любого действия, которое вы хотите).