Звучит как угроза безопасности для меня. То, что вы клонируете какое-то хранилище, не означает, что вы хотите дать ему право выполнять код.
Вы можете поместить копию хуков в версионный код и включить некоторый файл скрипта, чтобы пользователь мог легко скопировать их в свой каталог хуков. И, конечно же, если у вас установлены хуки, вы можете использовать их для обновления.