Да, вы можете поместить шаблоны игнорирования для каждого хранилища в .git/info/exclude
в каждом хранилище.
(Обратите внимание, это влияет только на то, что игнорируется в каждом хранилище, оно не влияет на файлы, которые вы активно размещаете вуправление исходным кодом и push. Я не совсем понимаю, какой у вас вариант использования.)