Просто поместите спецификацию в строку и запишите ее в свой файл (используя любой используемый метод, например, streams или classic cstdio):
const char *bom = "\xef\xbb\xbf"; // UTF-8
const char *bom_alt = {0xef, 0xbb, 0xbf, 0}; // the null termination is optional, depending on how you write it later on
Тогда вам просто нужно убедиться, что вы действительно пишете правильный UTF-8, а не ANSI или широкие строки символов. Я бы порекомендовал UTF8-CPP для этого (он уже использовался в рабочих проектах и отлично работает без использования огромной библиотеки, такой как Boost).