Да, абсолютно.
Вам просто нужно, чтобы каждый клиент создал учетную запись App Engine с приложением, к которому у вас есть права администратора.Вы можете настроить параметры приложения, чтобы запретить загрузку вашего кода другими администраторами, если это соответствует вашему соглашению с клиентом.Это также позволяет клиентам выставлять счета напрямую за использование их экземпляров и делает невозможным утечку данных между экземплярами разных клиентов.
Использование нескольких приложений для нескольких клиентов, которые лицензируют ваше приложение, почти наверняка делаетне нарушать часть 4.4 TOS, хотя не воспринимайте это как юридическую консультацию.