Если у вас установлены оба CLR, оба могут работать одновременно. Система запустит одну из версий, поддерживаемых приложением (которая в приложениях .net 2.0 будет v2.0.50727). Он предпочел бы, чтобы последняя версия поддерживалась заявленным приложением, но приложение, созданное с использованием VS2005, вероятно, не будет работать в 4.0 (VS2005 не знает, как добавить метаданные для поддержки 4.0).