Полагаю, это происходит потому, что свойства навигации загружены лениво.Когда вы пытаетесь получить к ним доступ, они не могут быть загружены, потому что контекст удаляется.Вы должны загружать их охотно или явно при загрузке основного свойства.
Стремительная загрузка:
from d in context.Department.Include("Employees")
select d;
Явная загрузка:
var departments = (from d in context.Department
select d).ToList();
departments.ForEach(e => e.EmployeesReference.Load());
РЕДАКТИРОВАТЬ ПОСЛЕ ВОПРОСАРЕДАКТИРОВАТЬ
Проблема может быть в строке:
department.FirstOrDefault().Employees = employees.ToFixupCollection();
Попробуйте изменить ее на:
department.FirstOrDefault().Employees = employees.ToList<Employee>();