Действия "Profile" в eclipse являются частью инфраструктуры eclipse, они не предоставляются JProfiler.
Я предполагаю, что пункт меню Run-> Profile ... не существует в перспективе Javaпосле того, как вы запустите интеграцию в JProfiler (Session-> IDE интеграции).
В этом случае вам необходимо включить действия «Профиль» для этой перспективы в окне «Окно» -> «Настройка перспективы», переместив вкладку «Команда» вперед и установив флажок «Профиль».