Возможно, что команда, которую вы запускаете, посылает в ваш терминал несколько escape-последовательностей, которые меняют свой режим или другие настройки. Программы, которые нуждаются в полной возможности терминала, делают это (например, текстовые редакторы).
Может помочь захват стандартного вывода выполняемой программы и предотвращение ее перехода на экран. Вы пробовали это?