Конечно можно. Одним из способов может быть создание нескольких файлов конфигурации (log4j.xml / log4j.properties) - по одному на порт соответственно процессу. После загрузки файла конфигурации вы можете выбрать правильный, основываясь на текущем номере порта:
PropertyConfigurator.configure("log4j-" + port + ".properties");
Создайте соответствующие файлы конфигурации: log4j-1211.properties , log4j-1311.properties , ...
Альтернативой может быть настройка регистрации файлов во время выполнения через код Java:
String logFilename = "./myApp-port" + port + ".log";
Layout layout = new PatternLayout("%d{ISO8601} %-5p [%t] %c{1}: %m%n");
FileAppender fileAppender = new FileAppender(layout, logFilename, false);
fileAppender.setThreshold(Level.DEBUG);
Logger.getRootLogger().addAppender(fileAppender);