Изменение данных "вручную" в репозитории не является хорошим подходом в вашем случае.Инструменты SCM предназначены для сохранения хронологии.Вам может понадобиться эта история, чтобы понять, почему полгода назад какой-то двоичный файл работал нормально, а теперь не работает.
Я не вижу ничего плохого в svn move
- история покажет ход и всю предыдущую историю.Таким образом, вы будете знать, откуда пришел каждый файл / каталог.
Но если бы вы использовали cvs, я бы с вами согласился.В cvs, в отличие от svn, перемещение файлов не поддерживается, история, если каталог не поддерживается.Именно эти проблемы cvs и некоторые другие svn направлены на решение.
Что касается дат, которые будут меняться - если у вас есть тысячи файлов, чем кто заботится о дате - просто посмотрите в svn log.