У меня была похожая проблема, но, как оказалось, она была вызвана тем, что NAnt нацелился на среду выполнения 4.0. Visual Studio была нацелена на 3.5, поэтому, я думаю, зависимости обрабатывались по-разному. Я исправил это, заставив NAnt нацелиться на среду выполнения 3.5.
<property name="nant.settings.currentframework" value="net-3.5" />