Я бы посоветовал вам посмотреть JSON в качестве транспортного формата.Кодируйте массив Java String в JSON и отправьте его в свой Javascript.Это очень легкий формат, и существует множество Javascript-фреймворков (jQuery, mootools, dojo, как вы его называете), которые делают работу с ним приятным.