Похоже, вы передаете выходные данные из 2 в pylint.txt, а 3 передается в sloccount.sc.Вам нужно передать как к stdout, так и к файлу, чтобы заполнить ваши файлы, а также сделать так, чтобы вывод шел в Hudson.Взгляните на tee.exe, он сделает это за вас.