Я использовал коммерческую библиотеку edtFTPPro / J для SFTP / FTP, и она действительно хорошо работает. Также поддерживает FTPS, и, по крайней мере, для SFTP, вы можете использовать свои собственные сертификаты. Не использовал его для FTPS, но я ожидаю, что он будет работать нормально. У них также есть очень хорошие времена ответа на их форумах.