Вместо использования HSQLDB в качестве чистой БД памяти, вы можете записать содержимое на диск, инициализируя HSQLDB следующим URL:
jdbc:hsqldb:file:/opt/db/testdb
Я предполагаю, что вы используете URL-адрес «памяти», подобный этому (все содержимое, как вы заметили, исчезло после закрытия JVM):
jdbc:hsqldb:mem:mycooldb
Когда вы завершаете работу базы данных после теста, вы можете либо просмотреть полученный файл скрипта с помощью texteditor, либо запустить HSQLDB-менеджер, содержащийся в главном банке HSQLDB.
java -jar hsqldb-version.jar