Возможно, вы могли бы использовать slow_query_log ?
Если вы не можете включить внутреннюю возможность mysql для регистрации всех запросов, вам нужно записать все запросы перед тем, как вы их выполните ... Вы можете сохранить их в своем собственном лог-файле, или в таблице (или в какая-то другая система). Если бы это было так, и если бы я был Вами, я бы создал оболочку для соединения с возможностью регистрации.