Хорошо.я не нашел способа сделать это, поэтому я создал скрипт, который обновлял нужные мне элементы.
Dim xml As Xml.XmlDocument
Dim xpathTemplate As String
Dim fname As String
xpathTemplate = "/DTSConfiguration/Configuration[@Path='\Package.Variables[User::{0}].Properties[Value]']/ConfiguredValue"
fname = "config.dtsConfig"
xml = New Xml.XmlDocument()
xml.Load(fname)
xml.SelectSingleNode(String.Format(xpathTemplate, "myElement")).InnerText = "updated!"
xml.Save(fname)
Так как я просто хотел обновить одно поле, я использовал этот метод.