В Java есть два пути к классам. Построить путь и запустить путь. Путь сборки используется при компиляции файлов .java в файлы .class. В таком языке, как C, у вас есть этап компоновщика, который заполняет все недостающие символы, когда вы запускаете компоновщик для нескольких объектных файлов. Вот почему для .exe (windows) или других собственных двоичных файлов (linux) нет пути запуска. Java немного отличается, потому что скомпилированные определения .class загружаются jvm по мере необходимости.
Из этого вытекает, что вы должны указать jvm путь к классам во время выполнения. В командной строке вы используете java.exe, который по умолчанию выполняет поиск в нескольких местах, включая $ CLASSPATH, текущий каталог / lib и все, что вы указываете в опции -cp.
Среды IDE отличаются от командной строки тем, что они пытаются оградить вас от некоторых неприятностей, связанных с запуском java.exe и предоставлением мест, где находятся все файлы .class (что было бы обременительно в большом проекте).
В большинстве IDE есть своего рода вкладка «Run Configuration», которая позволяет указывать определенные библиотеки или места с классами, которые будут использоваться при запуске вашего приложения. Ниже описано, как задать путь выполнения в eclipse, netbeans и intellij.
http://javahowto.blogspot.com/2006/06/set-classpath-in-eclipse-and-netbeans.html
http://www.jetbrains.com/idea/webhelp/run-debug-configuration-application.html