Нет, они должны существовать в отдельном пространстве в файловой системе сервера, поэтому все должно быть в порядке. Отдельные базы данных, отдельные URL и т. Д.
редактирование:
наш сервер разработчиков имеет dev1.oursite.com, dev2.oursite.com и т. Д. Несколько поддоменов без проблем запускают WordPress, Magento и Drupal.
markratledge верен, вы можете установить его в одну и ту же базу данных с другим префиксом, но в этом нет никакой реальной выгоды, если только ваш хост не ограничил количество баз данных, которые вы можете иметь, или вы хотите создать резервную копию только одной БД. Но любой метод в порядке, никаких конфликтов.