Ну что ж… обычные проблемы с обновлением cocos2d.
Лично я просто установил бы шаблоны cocos2d 1.1 (при условии, что они обновлены) и создал бы проект на основе одного из шаблонов cocos2d. Затем добавьте ваш исходный код и ресурсы в этот недавно созданный проект. Обычно это работает намного лучше, чем пытаться заменить и обновить код cocos2d в существующем проекте.
Я полагаю, что ваша проблема может быть связана с удалением проекта cocos2d, но не с файлов с вашего жесткого диска. Это означает, что все еще могут быть некоторые оставшиеся файлы из старой версии, которые все еще включены в проект и созданы. Вы определенно хотите удалить все существующие файлы cocos2d перед перемещением новых файлов cocos2d на место.
Наконец, не исключайте, что версия, которую вы скачали с github, не работает. Это был бы не первый раз. Вместо этого попробуйте использовать загружаемую версию с веб-сайта и имейте в виду, что 1.1 на данный момент является только бета-версией.
Совет: в будущем вы можете захотеть создавать проекты cocos2d с Kobold2D , у него есть инструмент обновления , который устраняет все эти проблемы.