Параметр ' append ', кажется, соответствует тому, что вы хотите.
outputFileName = 'img_stack.tif'
for K=1:length(img(1, 1, :))
imwrite(img(:, :, K), outputFileName, 'WriteMode', 'append');
end
РЕДАКТИРОВАТЬ: IMAGEJ имеет проблемы при открытии сохраненных таким образом мультипликатов.«Сжатие», «никто» не решает проблему :) используйте:
imwrite(img(:, :, K), outputFileName, 'WriteMode', 'append', 'Compression','none');