Пара предложений: во-первых, убедитесь, что ваш тип проекта является консольным приложением. Это гарантирует, что ваш app.config будет правильно виден и переименован / скопирован. Во-вторых, бизнес по установке и удалению (служба Windows) действительно лучше всего выполнить с проектом с открытым исходным кодом, который называется TopShelf . Лично у меня был большой опыт использования TopShelf для загрузки служб Windows. Документация немного спартанская, но есть простой пример , который поможет вам быстро приступить к работе. Проще говоря, он обрабатывает весь беспорядок в установке и удалении службы, предоставляя простой в использовании интерфейс командной строки.