Как выполнить задание Array в SGE - - PullRequest
Новая
       21

Как выполнить задание Array в SGE -

0 голосов
/ 05 марта 2012

У меня есть 50 различных fast-файлов, которые я хотел бы проанализировать с помощью программы (glsearch36). Файлы пронумерованы 3163proph00.fa - 3163proph49.fa.

Я хотел бы отправить эти 50 почти идентичных заданий, используя кластер, используя систему очередей SGE в качестве задания массива.

Одна проблема состоит в том, что SGE требует, чтобы SGE_TASK_ID был от 1 до 50, поэтому сначала я должен был создать переменную i и вычесть 1, чтобы получить 0. Затем я создал j, так как числа имеют начальный ноль.

Я не слишком опытен в bash, поэтому я уверен, что допустил некоторую синтаксическую ошибку при переходе от SGE_TASK_ID к i к j.

Когда я отправляю этот файл, я получаю следующую ошибку «Недопустимое имя переменной».

Любая помощь будет оценена.

Спасибо, 

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -t 1-50
#$ -e glsearch.err
#$ -o glsearch.out
#$ -N glsearch

#  really the files are 00-49
i=$(($SGE_TASK_ID - 1))
j= printf "%02d" "$i"
echo $j
/g/bor/x86_64/bin/glsearch36 -T 1 /g/bor/Viruses/3163_proph_split50/3163proph$j.fa /g/bor/Viruses/prophage_region.fna > glsearch_3163proph$j.txt

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 16 октября 2013

Я подозреваю, что ваша работа выполняется в очереди posix_compliant с / bin / csh в качестве оболочки по умолчанию.Потому что очередь posix_compliant ваш #!строка игнорируется и используется оболочка по умолчанию.Вы можете переопределить оболочку по умолчанию с помощью директивы -S для механизма сетки. 

#$ -S /bin/bash
1 голос
/ 05 марта 2012
  • $ в ((...)) не требуется
  • нет space до и после =

  • положить printf в $(...)

    i=$((SGE_TASK_ID - 1))
j=$(printf "%02d" "$i")
...