Я предполагаю, что с помощью пользовательского инструмента в Visual Studio вы обращаетесь к функции, доступной через окно инструмента Свойства ;чтобы процитировать контекстную справку, это означает «инструмент, который преобразует файл во время разработки и помещает результат этого преобразования в другой файл [...]».
Ваш вопрос может быть связан с этот пост .
То, что я хотел бы сделать, чтобы обойти ваши проблемы, - это создать своего рода «прокладку» для ваших файлов XML Schema;в основном, создайте пустой файл XML Schema, добавьте два оператора import, указывающие на схемы 2 и 3 (в вашем случае - на верхний уровень), и укажите этот файл в вашем пользовательском инструменте (вместо тех, которые вы используете прямо сейчас).Таким образом, пользовательский инструмент не доставит вам никаких проблем, поскольку он будет рассматривать ваши файлы как набор.