$DELETE = "the_line_you_want_to_delete";
$data = file("./foo.txt");
$out = array();
foreach($data as $line) {
if(trim($line) != $DELETE) {
$out[] = $line;
}
}
$fp = fopen("./foo.txt", "w+");
flock($fp, LOCK_EX);
foreach($out as $line) {
fwrite($fp, $line);
}
flock($fp, LOCK_UN);
fclose($fp);
это будет просто просматривать каждую строку, и если это не то, что вы хотите удалить, оно помещается в массив, который будет записан обратно в файл.