Это зависит от ваших потребностей.Если это статический ресурс, который вы можете просто поместить в classpath и загрузить как
...getClass().getResourceAsStream("com/example/package/countries.xml")
Если это модифицируемый ресурс, вы должны поместить его в постоянный (некоторая СУБД или другой тип хранилища), он даже может бытьфайл, если он вам сильно нужен, но вне приложения, потому что при следующем обновлении вам нужно будет управлять изменениями.
Я бы не советовал сохранять этот ресурс в корневом каталоге веб-приложения, если вы используете его через RCP и неЭто не нужно как веб-ресурс.Потому что просто еще один ресурс и для получения доступа вам нужно использовать какой-то дополнительный API, контекст сервлета или другие приемы в части GWT.