Использовать условие перезаписи перед правилом перезаписи, например -
RewriteCond $1 !^(\.js|\.css)
RewriteRule ^(.*)home/$ index.php [NC]
Если js и css находятся в каком-либо каталоге, вы также можете использовать условие перезаписи, как показано ниже -
RewriteCond $1 !^(script|styles)
RewriteRule ^(.*)home/$ index.php [NC]