Я думаю, вам понадобится AppDomainSetup.PrivateBinPath настройка свойства для вашего домена.
Укажите в этом свойстве пути к папкам (если их несколько, разделенных знаком «;»), где находятся ваши ссылочные сборки. Таким образом, вы делаете знак сборке для поиска в указанных каталогах необходимых ссылок.
Обратите внимание, что это свойство работает только для каталогов, которые являются подкаталогами для пути bin, но похоже, что это именно тот случай.
РЕДАКТИРОВАТЬ
Пример:
AppDomain.CurrentDomain.SetupInformation.PrivateBinPath = "path1;path2;...";
Удачи.