Обратите внимание, что для того, чтобы блок нулей центрировался по вашим координатам x, y, он должен быть нечетного размера. Например, блок нулей в следующем не центрируется по координатам x, y = 4,6, а по центральным координатам этой ячейки, то есть x, y = 4.5, 5.5:
import numpy
a = numpy.ones((10,10))
x,y = 4,6
s = 2
a[x - s: x + s, y-s: y + s] = 0
array([[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.]])
тогда как этот:
a = numpy.ones((10,10))
x,y = 4,6
s = 2
a[x - s: x + s + 1, y-s: y + s + 1] = 0
print a
array([[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
[ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.]])
Если скрипт предназначен для обработки изображений на основе пикселей, это может быть важным отличием.