Зависимости должны быть указаны внутри ваших файлов pom, как только IDEA импортирует их, он должен проанализировать зависимости и настроить проект автоматически.Убедитесь, что область задана правильно, скорее всего, в вашем случае это должна быть Compile.
Зависимости, которые вы установили вручную в настройках модуля IDEA, будут отброшены при следующем импорте проекта Maven.