Чтобы код работал так, как вы хотите, сделайте следующее:
str:=tstringlist.create;
str.LoadFromFile(s);
str.strings[1]:= Trim(str.strings[1]); //This line was modified
str.Free;
Если вы хотите сохранить обрезанную строку в файл (перезаписывая файл), сделайте следующее:
str:=tstringlist.create;
str.LoadFromFile(s);
str.strings[1]:= Trim(str.strings[1]); //This line was modified
str.SaveToFile(s); //This line was added
str.Free;