Как я могу сделать цикл if в Python, чтобы сказать «если что-то (в данном случае 1/1) существует в одном из моих столбцов (в моем случае 10)?

Question

У меня есть файл, подобный этому:

Chr10   31      .       T       C       35.1    .       DP=7;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,7,0;MQ=23;FQ=-48    GT:PL:GQ        1/1:68,21,0:39**
Chr10   445     .       G       T       34      .       DP=23;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=7,5,6,3;MQ=19;FQ=12.3;PV4=1,6.2e-08,1,0.27       GT:PL:GQ        0/1:64,0,39:42
Chr10   447     .       A       C       93      .       DP=26;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,13,8;MQ=19;FQ=-90  GT:PL:GQ        1/1:126,63,0:99
Chr10   449     .       G       C       5.46    .       DP=28;AF1=0.4999;CI95=0.5,0.5;DP4=9,4,6,4;MQ=23;FQ=7.8;PV4=0.69,4.3e-08,0.037,1 GT:PL:GQ        0/1:34,0,130:34
Chr10   481     .       C       T       67      .       DP=55;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=17,22,10,5;MQ=25;FQ=70;PV4=0.22,1.5e-07,1,1      GT:PL:GQ        0/1:97,0,152:99

, и я хотел бы сделать цикл, который находит все строки, которые имеют 1/1 в 10-м столбце.

Этосценарий, который я написал:

pilup= open ("libary_ts.sorted.pilup", "rb+")
with open ("select.txt", "wb+") as ch:
  for data in ch:
    e=data.split()
    if e[9] == "1/1":

, но я знаю, что это неправильно, поскольку if e[9] == означает, что столбец 10 имеет точное значение 1/1, и, как вы можете видеть из данных примера, явсегда есть что-то вроде этого:

1/1:213,60,0:99

или

0/1:43,0,118:46

Я просто хотел знать, что я должен использовать, чтобы сделать это, если оператор работает правильно?Есть ли символ, который говорит, содержит?Я не мог найти это нигде!Заранее спасибо!

Answer 1

Если оно может появиться в любом месте столбца:

if "1/1" in e[9]:
  ...

Если он должен появиться в начале столбца, как в вашем примере:

if e[9].startswith("1/1"):
  ...

В качестве альтернативы, если столбец всегда содержит значения, разделенные двоеточиями:

if e[9].split(':')[0] == "1/1":
  ...

Последний - самый строгий из трех, и он будет моим личным предпочтением.

Answer 2

Прежде всего, open ("select.txt", "wb+") удалит содержимое файла. Я полагаю, вы перебираете pilup.

Вы можете использовать оператор in , чтобы проверить, встречается ли 1/1 где-нибудь в десятом элементе:

if "1/1" in e[9]:

В качестве альтернативы используйте startswith, чтобы проверить, начинается ли десятый элемент, ну, в общем, с "1/1":

if e[9].startswith("1/1"):

Answer 3

Если 1/1 всегда будет в начале этого столбца, вы можете использовать строковый метод startswith:

if e[9].startswith("1/1")