Просто чтобы убедиться, что я ничего не пропустил, я проверил код, и он работал нормально для меня. Возможно, вы можете попробовать продолжить для всех, кроме одного конкретного имени файла, а затем проверить содержимое файла temp.out после этого.
import os
for filename in os.listdir("."):
if filename != 'findme.txt': continue
print 'Processing', filename
file1 = open(filename,'r')
secondfile = open("temp.out",'w')
print filename
for line in file1:
line2 = line.replace('mrddb2.','shpdb2.')
line3 = line2.replace('MRDDB2.','SHPDB2.')
print 'About to write:', line3
secondfile.write(line3)
print 'Done with', filename
file1.close()
secondfile.close()
Кроме того, как уже упоминали другие, вы просто забиваете свой файл temp.out при каждой обработке нового файла. Вы также импортировали shutil, фактически ничего не делая с ним. Вы забыли скопировать файл temp.out обратно в исходный файл?