если вы используете веб-браузер WP7 для подключения к удаленному веб-сайту (и это должно быть так, и WP7 не размещает веб-сервер), вы можете протестировать веб-приложение также с обычного рабочего стола.
Обычно, если вам необходимо установить связь между клиентской стороной (JavaScript) и серверной стороной (в вашем случае C #), в зависимости от конкретного контекста и потребностей, вы можете использовать несколько различных методов, например Page Methods
(google for ASP.Методы страницы NET).
я понимаю, что браузер WP7 находится где-то посередине между IE8 и IE9 с немного ограниченным движком JavaScript по сравнению с обоими, но должно работать что-то такое базовое, как Page Method, я бы сначала проверил его иззатем нормальный ПК с телефона и проверьте, работает ли, а если нет, то что ломается.