Почему я получаю эту ошибку в моей сборке Primer3 / eprimer3 Mac OSX?

Question

Я получаю эту ошибку при сборке Mac OSX.

Проблема Primer3 / eprimer3:

Error: thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified

От:

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH (string; default ./primer3_config)

Этот тег указывает путь к каталогу, который содержит все файлы параметров, используемые термодинамическим подходом.В Linux есть два местоположения по умолчанию, которые проверяются, если этот тег не определен: ./primer3_config/ и /opt/primer3_config/.Для Windows есть только одно местоположение по умолчанию: .\primer3_config\.

Я поместил primer3_config в мой PATH в bin и все еще не могу решить эту проблему.Я даже сделал:

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src

и

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src/primer3_config

безрезультатно.

Answer 1

Согласно руководству по primer3:

1.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH должно указывать на правильное местоположение.Этот тег указывает путь к каталогу, который содержит все файлы параметров, используемые термодинамическим подходом.В Linux существует два местоположения по умолчанию, которые проверяются, если этот тег не определен: ./primer3_config/ и / opt / primer3_config /.Для Windows есть только одно местоположение по умолчанию:. \ Primer3_config.Если файлы параметров находятся не в одном из этих мест, обязательно установите PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH.

Поэтому, если вы загружаете и компилируете источник формы primer3 с помощью команды Make, чтобы primer3 мог работать глобально,необходимо скопировать исполняемый файл, primer3_core, на ваш путь и поместить каталог конфигурации, primer3_config в тот же каталог или в /opt/primer3_config

cd src
sudo cp primer3_core /usr/local/bin # or /usr/bin
sudo cp -r primer3_config /opt/

Answer 2

У меня та же проблема. Я установил Primer 3, используя homebrew-science , что было довольно безболезненно. https://github.com/Homebrew/homebrew-science

Я попытался скопировать каталог primer3_config в каталог homebrew primer3, то есть:

/ usr / local / Cellar / primer3 / 2.3.4 / bin / primer3_config, но это также не сработало.

В конце я добавил конфигурацию PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH во входной файл учебника для начинающих 3, и это сработало. Обратите внимание, что имя каталога должно иметь косую черту. Это последняя запись в файле ниже, которая скопирована из файла пример в источниках primer3.

SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
SEQUENCE_TARGET=37,21
PRIMER_TASK=pick_detection_primers
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
P3_FILE_FLAG=1
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/
=

Затем запустите его так:

$ primer3_core < example2