Мы (моя команда, то есть) тоже получаем эту проблему. Командная строка Maven работает как шарм, в Eclipse мы получаем красную стену от Maven (мы проксируем все зависимости через наш Nexus).
Однако я заметил, что как только я установил m2eclipse в автономном режиме, он находит все зависимости. Поскольку я часто встраиваюсь в командную строку, разрешение новых зависимостей таким образом не является для меня проблемой (для некоторых это все еще может раздражать).