Насколько я знаю, TCP будет основным протоколом, несмотря на характер используемого драйвера. В отличие от Derby или HSQLDB, MySQL не поддерживает (на момент написания этой статьи) какие-либо формы баз данных, которые работают во встроенном режиме.
Все подключения к базе данных с целью выполнения операторов SQL, выполняемых драйвером, являются TCP-подключениями.