В Windows файлы чувствительны к регистру, но сохраняют регистр. Вы можете переименовать файл, изменив регистр, и Windows сохранит изменения. Проблема возникает, когда Subversion пытается создать второй файл. Windows сообщает, что файл уже существует.
Если вы хотите объединить два файла в одну копию, вместо удаления файла в хранилище вы можете переименовать поврежденный файл в хранилище (то есть добавить суффикс, например «.temp»), обновить клиент объединить в хороший файл, а затем удалить плохой файл.