Только что узнал, что МОЖЕТЕ ответить на свой вопрос. Замечательно! (Я сначала написал ответ в комментарии к моему вопросу, но это лучше.)
В .gitolite.rc вы можете установить переменную с именем $ REPO_BASE. Просто измените это на то место, где вы хотите хранить свои репозитории. Мне кажется, это правильный способ сделать это.
ПРИМЕЧАНИЕ. Этот ответ предназначен для Gitolite, так как именно это я начал использовать вместо Gitosis (согласно первому комментарию к моему вопросу)! Все еще не уверен в правильном способе изменить его на Gitosis, хотя мое «решение» в вопросе сработало для меня.