Хотя это и не идеально, вы можете запустить свой ftp-сервер под определенным пользователем / группой и разрешить только определенные каталоги этому пользователю / группе. Это, однако, может быть не совсем то, что вы ищете.
У вас также может быть белый список каталогов, в которые пользователи могут переходить, и любые другие, к которым они пытаются перейти, вы просто не разрешаете (таким образом, в основном создавая свои собственные разрешения).
Лично я предпочитаю первое, так как эта работа уже сделана для вас ОС.