Построение векторов на основе генетической последовательности

Question

У меня есть последовательность, которая называется ACGTCCT.... Есть ли способ построить это без использования лестницы? Кто-нибудь знает, как сделать красочные 2D / 3D стрелки внизу страницы так: Как построить генный график для последовательности ДНК, скажем, ATGCCGCTGCGC?

в матлаб? Также приветствуются другие предложения по визуализации ACGTCCT.

Приветствия

Answer 1

Отправка arrow.m от FileExchange - это то, что вам нужно. Трудно представить, что он не встроен, но, по крайней мере, этот вклад хорошо заполняет пробел. Вот пример использования этого как в том Q / A, с которым вы связались:

function randomWalk(seq)

n = length(seq);

ptStart = zeros(n, 3);
ptEnd   = zeros(n, 3);

cols = jet(n);

for i=1:n
    switch seq(i)
        case 'A'
            d = [1 0];
        case 'T'
            d = [-1 0];
        case 'G'
            d = [0 1];
        case 'C'
            d = [0 -1];
    end

    ptEnd(i,:) = ptStart(i,:) + [d 1];
    ptStart(i+1,:) = ptEnd(i,:);
end

rng = [min([ptStart; ptEnd], [], 1); max([ptStart; ptEnd], [], 1)];
axis(rng(:))
for i=1:n
    arrow(ptStart(i,:), ptEnd(i,:), 'BaseAngle', 90,...
                                    'TipAngle',  15,...
                                    'Length',    30,...
                                    'CrossDir', [1 1 0],...
                                    'EdgeColor', cols(i,:),...
                                    'FaceColor', cols(i,:));
end

axis equal
view([45 15])

>> randomWalk('ATGCGTCGTAACGT')