Это происходит потому, что .htaccess
в вашем /
(DocumentRoot) снова читается.
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{ENV:REDIRECT_STATUS} 200
RewriteRule .* - [L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://mysite.com/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9]+)$ /profile.php?user=$1 [L,QSA]
Кроме того,
нет необходимости добавлять
RewriteEngine On
RewriteBase /
более одного раза. Удалите вторые записи.