Вы должны вручную вызвать метод show на панели, например:
var pnl = $find("<%= modal.ClientID");
pnl.show();
Так что вы можете использовать window.setTimeout для вызова этого:
window.setTimeout(function() { /* code */ }, 5000);
Но это не можетпросто случается очень легко.
HTH.