Объекты, которые появляются в окне с владельцем файла, первым ответчиком, представлением, являются объектами верхнего уровня. Все, что вы добавляете в представление, будет подпредставлением - все подпредставления сохраняются в их прямом суперпредставлении, поэтому их не нужно хранить в другом месте. Само представление сохраняется контроллером представления, поэтому его не нужно сохранять.
Если вы добавляете не видимые объекты или виды, которые вы не сразу добавляете в основной вид (например, кнопки панели инструментов, которые в данный момент не отображаются), вам необходимо сохранить их, иначе они будут освобождены. Мой предпочтительный метод для этого - использовать IBOutlets с помощью @property, например:
@property(nonatomic, retain) IBOutlet UIBarButtonItem * myButton;
Это вызывает -setMyButton: вызываться для владельца файла (если этот код принадлежит владельцу файла), и объект, подключенный через IB, отправляется для сохранения в этом свойстве.